李逍遥与月如为寻灵儿又继续旅行，到达扬州，夜晚月如为逍遥盖被的幽幽叹息让逍遥隐隐发现了月如对自己的心意。两人遇女飞贼见义勇为，结果被诬是女飞贼同伙，李逍遥独身抓获女飞贼，了结此案。出城遇到蛤蟆精，杀掉后夺得五毒珠。二人来到一乡野客栈，却被迷药迷倒，原来盖罗娇不想让他人卷入对灵儿的争斗，所以迷倒两人，而她却不知两人正是要寻灵儿。盖罗娇与石长老之间为了争夺灵儿进行了一场惨烈的混战，死者甚多，引起了路过的蜀山派掌门，剑圣独孤宇云的注意。石长老使用终极绝杀：赤血毒将其他的白苗人尽皆击毙，自己也爆裂而死，独孤宇云这时赶到，误认为灵儿是这次惨案的始作俑者，逍遥听见灵儿尖叫声惊醒。独孤宇云早已捉走了灵儿并将她封印于锁妖塔下，而逍遥从盖罗娇口中得知灵儿原是南绍国公主。

　　后来，逍遥月如路过京城，月如说想顺利探亲，逍遥应允并和月如随云姨来到尚书府，得知月如表哥刘晋元已娶彩依为妻，而且刘晋元患重病，请道士反而道士被妖精所耍。月如父林天南寻至，与逍遥比武未胜，慨然而去。此时月如赶来，逍遥开始认真正视和月如的感情，问月如怕不怕和自己在一起后做个要饭的，月如向逍遥表明心迹，道此生无悔，逍遥心情动摇，情不自禁握住月如之手，二人约定在找到灵儿并结束一切事情后，就和对方一同“吃到老，玩到老”，正当甜蜜之际，却被从后林慌张跑出的彩依打断....后来二人发觉刘晋元妻彩依实为蝴蝶妖，二人遇到酒剑仙 酒剑仙欲施法擒妖却睡着(其实就是应该睡着)。蝴蝶妖彩依欲救夫君被逍遥月如二人误会，二人追入林中，得知一切乃蜘蛛精作祟，二人苦战未胜，之间一把飞剑直插蜘蛛精天灵盖，蜘蛛精毙命，原来是酒剑仙赶到，得到雷灵珠，酒剑仙施展飞仙术(御剑飞仙改为御酒葫芦)带二人来到蜀山。

　　与酒剑仙一起回到蜀山后，逍遥发现灵儿所配玉佛珠，得知灵儿被困锁妖塔，愤怒下与独孤剑圣交涉却失败后，李逍遥强闯锁妖塔。逍遥怕此路艰险有去无回让月如不必跟随，月如却表明生死相随，逍遥感动无以言表。锁妖塔底，逍遥终于再见到灵儿，但印入眼帘的竟是人首蛇身红发的“蛇妖女”，无法接受这个事实。大受打击之际，忘忧散失效，逍遥立刻记起和灵儿在仙灵岛上共缔鸳盟的点点滴滴，痛悔自己伤灵儿太深，不介意人“妖”之别，纵身斩断锁链，救下灵儿，要与灵儿同生共死。面对镇狱明王的逼迫和污蔑，灵儿说出女娲后裔真正身份，体内潜藏的力量觉醒，三人连手击败镇狱明王。众妖见状，皆以灵儿马首是瞻，共商出塔之法。在灵儿的调解之下，三人得书中仙指示，打断化妖池底支撑锁妖塔的七根七星盘龙柱，锁妖塔崩，众妖得以脱身。然其间月如却被崩落的巨石砸死……

　　塔崩之际，剑圣回心转意，危急中救出三人，送往苗疆灵山圣姑处治伤。灵儿身受重创，难以复原，昏迷不醒。后逍遥苏醒，得知灵儿怀孕之事和月如死讯，又喜又悲。伏在月如身旁回忆与伊人之往昔，逍遥痛苦难以深深自悔，第一次流下男儿泪....整装之后，逍遥立刻动身为灵儿找寻仙药金翅凤凰蛋壳和火眼麒麟角，此时凤凰蛋却被突然出现一女孩所偷走，逍遥追赶，不想失足摔落。女孩施还魂咒，救活逍遥，逍遥却误以为是灵儿，看都不看就将女孩抱住，于是结识了这女孩：阿奴。阿奴也从此对逍遥产生了爱慕之情，逍遥答应阿奴去帮他找宝物，于是二人打败一堆小树精(树精BOSS在最后才出现)开保箱得到一堆好东东，就是没有水灵珠。

　　出来后，阿奴以风灵珠吹开前面桃树林的雾，逍遥阿奴进入干掉了危害村庄的一个道士，回来村民送给逍遥一个寿葫芦，便消失了。原来村民皆为桃树妖，这就是仙剑中的桃源村。

　　二人到了大理，偷偷进入麒麟洞，顺利搞到麒麟角和火灵珠，然后来到女娲殿祭拜，逍遥觉得女娲像与灵儿十分相似于是上前却被吸入。原来女娲像是灵儿之母巫后林青儿，青儿问逍遥是否真的爱灵儿，哪怕她非人类。逍遥道：灵儿是我妻子，我当然永远爱她。我的灵儿是人间的仙女，当然与凡人不同。 青儿送逍遥回到十年前，看到了曾经发生的一切：逍遥从黑苗士兵那里救了姥姥和小灵儿，两人乘上凤凰飞走。而逍遥一会又碰到一拨黑苗士兵，继续打倒，然后脱下他们的衣服穿上。来到南绍王宫的地牢找到了巫后，逍遥在石长老的帮助下拿到天蛇杖，巫后从牢房出来。两人准备离开时碰见国王巫王——灵儿之父，逍遥与巫后现出真身，在拜月教主阴谋下，逍遥与巫后无法逃走，逍遥被巫后用旋风送上岸。逍遥搭着凤凰飞走，凤凰把逍遥带到了十里坡的山神庙前，遇见了小的时候的逍遥。小逍遥带着逍遥找到小灵儿，姥姥让逍遥找来灵月宫主，灵月宫主带着姥姥和小灵儿去了仙灵岛。逍遥到了十里坡，发现一个宝箱，里面竟有失散多年的水灵珠，逍遥终于找到了被李三思盗出的水灵珠并用木剑向小逍遥换取，逍遥换得水灵珠后回到了现实中……(由此产生了这个问题：水灵珠是被小时候的逍遥当弹子玩了，逍遥是拿木剑与小时候的逍遥交换水灵珠的，那么，游戏刚开始的木剑是十年前的小时候，十年后的逍遥送的，而十年后自己又把木剑送给十年前的自己 这就是个先有蛋还是先有鸡的问题了)。逍遥在回魂仙梦里遇到了利用他心中思幻化成月如摸样的罗刹鬼婆，再度激动落泪，并要求假月如跟他一同回去，后假月如对逍遥痛下杀手，逍遥仍因面前人的样貌不忍还手，最终在在书中仙的提醒下才突破了梦魇。最后更是因为看到了十年前的小月如，满足了心底愿望，才回到了现实。(这一段为新仙剑新增的剧情)

　　逍遥回到现实后，阿奴已在巫后像前祈祷和守候了一个多月，看到逍遥回来，阿奴喜极而泣，情不自禁地给了久别重逢的逍遥一个拥抱。逍遥牵念灵儿，急忙回到圣姑处。过了数月，灵儿生下女儿，逍遥欣喜万。灵儿为了纪念月如故为女儿取名忆如。逍遥受托于圣姑去试练窟收集36个傀儡虫(其实是救月如，让她处于没死也不活状态。傀儡虫的属性说的明白：让死者重新能够攻击9回合 但并不复活，体力依然为0，那不就是不死不活么。正应圣姑那句话：让她活的方法我没有，让她不死的方法我却有很多) 偶然找到了女娲遗迹与阿奴学习了召唤风雷火土水五神的技能。

　　回来后，黑苗进攻白苗都城大理，赵灵儿赶往女娲圣殿，接下母亲所传圣灵套装(灵蛇杖、圣灵披风、圣灵珠)以五灵珠求雨，顷刻之间，天降甘霖，大地回春，两族化解了干戈。

　　后来，拜月教主仍不死心，派地魔兽搅乱大理庆功宴。地魔兽从地下钻出。逍遥、灵儿、阿奴三人合力杀之，并追入地下，进入黑苗都城南绍城地下迷宫。最后到了南绍皇宫，遇到巫王——灵儿之父(假的)拜月现身，灵儿被假巫王从背后刺了一刀，昏迷不醒，逍遥又惊又痛、不知所措。原来巫王乃树精所化，逍遥阿奴合力杀之。逍遥大怒，追入欲找拜月报仇，阿奴赶来，灵儿却不知为何苏醒也赶来，三人合力败之。

　　拜月教主跳入水中与水魔兽合体，引发水灾，天地间顿时掀起滔天巨浪，淹没苗疆城镇村庄。逍遥救下落入洪水的阿奴，灵儿为拯救天下苍生却牺牲了自己，与水魔兽同归于尽。天空放晴，逍遥呆呆望着一束金色阳光缓缓送下天蛇杖，天蛇杖在阳光照耀下闪闪发光，却久久不见灵儿归来。逍遥悲痛欲绝，告别阿奴，前往蜀山，在路上遇见雪地执伞嫣然而笑，怀抱逍遥之女忆如的月如。