在《星际警戒》的战斗系统中，如果说士兵决定着战场的整体形势，那么指挥官往往会逆转或者加剧这种形势的发展。指挥官对于军队的辅助加成作用，不逊色于任何一类科技的　　研究，这也同现实中的情况相仿，一个有着伟大的领导者的军队才可能成为战无不胜，攻无不克的虎狼之师。
　　指挥官等级
　　指挥官等级共50级，当指挥官得到足够的经验后等级便会提升，而本身的各项属性也会提高。指挥官的经验可通过战斗，购买道具卡，及参加活动系统奖励获得。
　　指挥官能力等级
　　指挥官的能力分级包括5级，由低到高分别为白，绿，蓝，紫，橙。指挥官的招募过程于司令部内完成，司令部的等级越高，高能力的指挥官出现的几率越大，而无论是何种能力　　等级的指挥官，招募资金的需求量都是非常低的，玩家在游戏中可随意更换新的指挥官，不会有任何的资金压力。指挥官的能力等级主要体现在其出现时的基础属性与成长跨度，能力　　等级低的指挥官各项基础数值都不高，而且指挥官等级每提升一级时各项属性的成长值也很低，高能力等级的指挥官则反之。
　　指挥官属性
　　指挥官共有4种属性，分别为攻击，防御，速度，负重。攻击与防御会以一定的比例值对自己的军队进行加成，以提高军队整体的的攻击力与防御力。速度则会提高军队的速度　　值，影响军队每队士兵的攻击先后顺序，在战斗双方的兵力相同的情况下，如果哪方可以先行攻击，那势必会对敌人造成巨大的伤害，而后敌人即使进行反击，也很难扭转败势。指挥　　官的负重是一项很重要的属性，每个兵种都有自己的重量，而负重则规定了一个军队的总重量最大值，也就是决定了军队的兵力总数，对战斗形势有着决定性的作用。
　　根据需求的指挥官的属性，可有针对性的对指挥官进行招募培养，例如专门负责守城的指挥官需要高防御力，而负责主力攻击的指挥官则需要高攻击力，在这两项属性专精的基础　　上，选出高速度，高负重的指挥官，对军队辅以强大的加成效果。
　　指挥官装备
　　指挥官装备分为头盔、胸甲、手套、鞋、武器及饰物6个部分，每个部位的每件装备都有着自己的专属属性，可针对指挥官的属性之一进行提升。指挥官装备也有着等级之分，亦　　分为白、绿、蓝、紫、橙5个等级，装备等级越高，提升的属性值越高。星际警戒在各个装备固有的属性基础上，又增加了套装属性，玩家在集齐了一套6件套装后并装备，会激活隐藏　　的套装属性，对指挥官进行更强大的属性加成。以下为部分套装列表：
　　装备名称 所属部位 装备等级 装备属性 套装属性 
　　血腥屠戮者头盔 头 绿 指挥官防御力提升20% 指挥官攻击力提升12%
　　指挥官防御力提升12%
　　指挥官速度提升6%
　　指挥官负重提升6% 
　　血腥屠戮者胸甲 胸 绿 指挥官防御力提升20%  
　　血腥屠戮者战靴 脚 绿 指挥官速度提升20%  
　　血腥屠戮者手套 手 绿 指挥官攻击力提升20%  
　　血腥屠戮者 武器 绿 指挥官攻击力提升20%  
　　血腥屠戮者饰带 饰物 绿 指挥官负重提升20%  
　　大首领头盔 头 紫 指挥官防御力提升50% 指挥官攻击力提升30%
　　指挥官防御力提升30%
　　指挥官速度提升15%
　　指挥官负重提升15% 
　　大首领铠甲 胸 紫 指挥官防御力提升50%  
　　大首领装甲靴 脚 紫 指挥官速度提升50%  
　　大首领装甲护手 手 紫 指挥官攻击力提升50%  
　　大首领离子剑 武器 紫 指挥官攻击力提升50%  
　　大首领装甲指环 饰物 紫 指挥官负重提升50%