《太阁立志》中的合战分为野战和攻城，同时部分兵种和秘技还受天气的影响。当要进攻某个大名的城池时，首先会触发的是野战，只有野战胜利后才能进行攻城战。
　　 在进行合战前，可以向同盟的大名、忍者众、兵法指南，发起援军的请求，如果援军的玩家不在线，系统将自动安排起援军。
　　 在合战中，每5秒（注：1秒等于一次进攻）为一大回合，每一大回合结束后（及第一大回合开始前），双方有10秒钟的机会可以选择可以使用的秘技1个，或者选择撤退、选择要攻击的军队。

合战中的秘技

　　合战的发起：如A发起对B战争的命令后，B将收到系统传递的A宣战的信息。如直到开战后，B没在线，系统自动为B进行设置，有玩家npc进行合战。进行野战前，双方有20秒选择军队可以使用的阵型，及开战前的一个秘技使用。行军及战争时，会消耗兵粮及军资金，出战前，必须有最小的兵粮和军资金才能行军，在战争中，当兵粮和军资金被消耗完后，军队的士气将不断下降。（注意：由师范带领的门徒的军队，士气100%，训练度100%，不需要兵粮和军资金。）