1399年，燕王朱棣起兵造反，把他的侄子――建文帝赶下台，夺取帝位。建文帝在国都被攻破的那天，剃发出家，秘密出走，隐藏民间，遂成为一代高僧。他静修悟道多年，终于圆寂前智慧大开，彻悟明朝数百年的大事，都记载在一部《大明魔》手稿中。建文帝圆寂之后，此手稿不知所终，其内容和去向成为明朝四大疑案之一(分别是梃击案、红丸案、移宫案、外加我们游戏编的“手稿案”。)。

　　几百年过去了……

　　1621年，正是大明天启年间，皇上学木匠，不理朝政。以阉魔魏忠贤为首的宦官势力乱政，锦衣卫横行，天下大乱，民不聊生，各种派别群起，互斗不休。倭寇危害东南沿海，蒙古骑兵侵掠北方，而满洲势力在山海关之北兴起，对大明虎视眈眈。谁来拯救内外交困的王朝?

　　你出现在一个小村里(新手村)，通过一系列任务，揭示出你出身不凡，乃是先皇的后代，当今皇上是你同父异母之弟。为了避祸于宫廷内斗，你自幼被秘密送往民间，过着贫苦失学、小混混的贫民生活。一天，一个神秘的中年郎中找到了你，给你出示失踪已久的《大明魔》手稿，里面记载着建文帝的预言：明朝后世将出现几个魔派，正邪各异，相互攻伐，它们分别是

　　阉派(内监宦官集团，偶像是魏忠贤)攻将(致力于开疆拓土，偶像是常遇春)防将(镇守边疆，保家卫国，偶像是戚继光)龟派(文官宰相集团，偶像是徐阶)心派(笃信知行合一，偶像是王守仁)