100年前，嵩山掌门左冷禅借“五岳同门，剿灭魔教”的借口企图合并五岳剑派，怎料想赔了夫人又折兵，五岳派总掌门的位置被华山派岳不群夺了去。左冷禅心怀恨意，趁岳不群广邀五岳弟子查看思过崖秘洞上各派失传的武功收买人心之际，率一众人突然发起攻击，将洞内各派高手尽数斩杀，使得各派元气大伤。之后左冷禅被令狐冲杀死、岳不群被吸星大法制住之时被仪琳失手所杀，结果左、岳两人皆毙命于思过崖上。

　　五岳剑派重归旧日，各自打理。而由于五岳派合并之事兴起的一场浩劫，各派式微。好在有着一桩江湖幸事，那便是日月神教在任盈盈和向问天的掌管下弃恶从善，与武林各派修好，并且行江湖侠义，华山派由令狐冲请回剑宗前辈封不平接掌，新华山摒弃剑气二宗之争，并且允许弟子各修所好。

　　百年之后……

　　华山派已经是江湖上第一的剑派。其他四派虽元气有所恢复，但都不及鼎盛之时。嵩山派狼子野心始终未弃，妄图东山再起。日月神教表面平和，实则暗流汹涌。道教另一分支于数十年前创立的新门派水月宫日渐壮大，令武林不得不注目其身。另一桩引人注目的事情就是东瀛剑士来到中原，以互通武学之名建立御神流道馆，当年倭寇为患，虽被戚继光将军扫平，但倭寇仍旧死心不改。这一东瀛流派的到来不知是祸是福?少林本欲清净，怎奈江湖之事滋扰不休。昆仑、峨眉、崆峒三大宗派四处拉拢，八面生事，妄图问鼎中原，取代少林、武当。朝廷日益腐败，东厂作威作福，厂卫为患，鹰犬勾结，上到权贵，下至百姓，个个人人自危。关外建州女真统一，努尔哈赤对朝堂龙座也是窥觑已久，并企图拉拢中原武林这一不可忽视的势力，乱世即将到来……